山東大學，教育部直屬，中央直管副部級高校，985、211、雙一流A類高校，學校在濟南、青島威海三地辦學，由原山東大學、山東醫科大學、山東工業大學合并而成，前身為創辦于1901年的官立山東大學堂。山東大學以數學、外國語言文學、控制科學與工程、臨床醫學、法學、應用經濟學、工商管理、電氣工程、計算機科學與技術為優勢學科，其中數學、化學為一流建設學科。山東大學的數學學科被評為A+，馬克思主義理論、中國語言文學為A，應用經濟學、工商管理、外國語言文學、控制科學與工程、藥學為A-，有32個B類學科。

南京大學，教育部直屬，中央直管的副部級高校，985，211，雙一流高校。南京大學位于南京市，歷史輝煌，學校師資力量雄厚，學風優良，在文科和綜合學科優勢明顯，物理、化學等基礎理科上十分優秀，其中有A類學科21個，其中天文學、地質學、圖書情報與檔案管理被評為A+。

從以上我們可以看出，兩所百年名校都是學科門類齊全的綜合性大學，首先從學科綜合實力來比較，在第四輪學科評估，南京大學上榜學科41個，A類學科21個，其中3個A+，11個A，7個A-，10個B+，5個B，2個B-，2個C+，1個C。在第四輪學科評估中，山東大學上榜學科44個，A類學科8個，其中1個A+，2個A，5個A-，20個B+，,6個B，5個B-，3個C+，1個C,1個C-。從學科綜合實力來看，南京大學綜合實力明顯強于山東大學。

我們再從具體的學科大類來看，首先從人文社科經管類學科來看，山東大學馬克思主義理論、中國語言文學為A，應用經濟學、外國語言文學、工商管理為A-，理論經濟學、法學、政治學、考古學、中國史為B+，管理科學與工程、公共管理為B,社會學、學習傳播學為B-；南京大學的哲學、社會學、中國語言文學、外國語言文學、中國史、工商管理為A，理論經濟學、法學為A-，政治學、馬克思主義理論、新聞傳播學、考古學、世界史、管理科學與工程為B+;在人文社科和經管類學科上，南京大學優勢明顯；在基礎理科學科上，南京大學在國內高校中排名前三，天文學、地質學為A+，物理學、生物學為A，數學、化學、地理學、生態學為A-,山東大學除了數學是王牌專業，被評為A+,在基礎理科上與南京大學差距明顯。

我們看一下南京大學較弱的工科學科，計算機科學與技術、環境科學與工程、軟件工程為A，電子科學與技術為A-，材料科學與工程、城鄉規劃學為B+，光學工程、信息與通信工程、建筑學、地質資源與地質工程為B，水利工程B-,生物醫學工程為C+，控制科學與工程為C;山東大學控制科學與工程為A-，機械工程、材料科學與工程、電氣工程、計算機科學與技術、土木工程、環境科學與工程、軟件工程為B+，動力工程與工程熱物理、信息與通信工程為B，光學工程、電子科學與技術為B-，化學工程與技術、生物醫學工程為C+，力學為C，水利工程C-,從工科學科來看，山東大學上榜工科學科更多，綜合實力更平均一些，但是在熱門的計算機、電子通信工程學科上不如南京大學。

山東大學與南京大學相比，學科優勢在醫學類學科上，山東大學的藥學為A-，臨床醫學、基礎醫學、護理學B+，口腔醫學、公共衛生與預防科學B,是山東大學最強的學科之一。

從兩所高校在全國的排名和錄取分數線來看，南京大學是華五名校之一，雖然近年來實力有所下滑，位居華五最后一名，但是全國排名穩居前十；山東大學近年來實力也是下滑，留學生學伴事件對于學校聲譽有所影響，現在全國高校排名在25位左右。南京大學的錄取分數線文科全國高校排名第6，理科排名第9；從去年河南省理科一本投檔線來看，南京大學錄取線689分，山東大學錄取線655分，兩所高校差距34分，位次差距近7000名。從生源上來看，山東大學與南京大學差距明顯。

南京大學位于江蘇省南京市，山東大學位于濟南市，南京和濟南都是副省級省會城市，但是南京位于長三角，經濟發達，區位優勢明顯，畢業生就業優勢明顯。

看來以上介紹，我想你應該明白兩所高校之間該怎么選擇了。