根據2012年學科評估的結果，中國內地高校生物醫學工程專業排名，第一名是東南大學，第二名是清華大學，第三名是上海交通大學、華中科技大學（并列），第五名是四川大學。后面的依次是：北京航空航天大學、浙江大學、重慶大學、西安交通大學、北京大學、電子科技大學、北京理工大學、天津大學、復旦大學、華南理工大學、重慶醫科大學、首都醫科大學、東北大學、同濟大學、上海理工大學、中南大學、南方醫科大學、太原理工大學、哈爾濱醫科大學、西北工業大學、東華大學、溫州醫學院、湖南大學、上海大學、中南民族大學、解放軍總醫院（軍醫進修學院）、沈陽工業大學、大連海洋大學、長春理工大學、蘭州大學、重慶理工大學。
參評院校一共36所。有一些開設了這個專業但是沒有參加評估的。